农商银行不是农村信用社，但是有部分的农村商业银行是由农村信用社股份制改革改组而成的。按照国家相关政策，在经济比较发达、城乡一体化程度较高的地区，“三农”的概念已经发生很大的变化，农业比重占比很低，农村信用社实际也已经实行商业化经营了。对于这些地区的农村信用社，可以实行股份制的改造，组建为农村商业银行。
农村信用合作社是经中国人民银行批准设立、由社员入股组成、实行民主管理、主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构，简称农村信用社、农信社。
农村商业银行是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构，简称农商行。
农信社和农商行主要有以下几个方面的区别：
解放初期，人民银行就把在农村的网点改成了农村信用社，旨是“农民在资金上互帮互助”， 农民作为社员出钱组成，主要任务是筹集农村闲散资金，为农业、农民和农村经济发展提供金融服务，支持农业生产和农村经济发展。但是在实际发展过程中，农信社大部分资金来自国家，“民办”变成了“官办”，产权人变成了国家。需要注意的是，农信社不算严格意义上的银行，规模较小，业务类型也比较少，农商行属于银行，规模比较大，业务类型相对齐全，能够满足现在生活的日常业务需求。相信不久的将来，所有农信社都会向更加现代化的商业银行转型。
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